"Если предположить, что с поездами будет тоже самое, что и в июне", то через Омск ходит поезд 013Н Новокузнецк-С.Петер. по четным дням напрямую до Вологды, прибывает в 0:28 по Москве время в пути 40 часов из Омска.
Вообще можно узнать справку по поездам тут:
http://train.mza.ru
Хотя возможны и другие варианты...